Para cumplir lo anterior, el CAISE se ha propuesto los siguientes objetivos:

o Contribuir al desarrollo de la investigación e innovación pedagógica, a través de la generación, aplicación y aportación al conocimiento del fenómeno educativo.
o Promover la formación y desarrollo de talento humano de alto nivel, a través de programas de posgrado y educación continua impartidos en distintas modalidades, en los que se prepare y actualice a los profesionistas, y se impulse la formación de nuevos investigadores.
o Impulsar la difusión de los productos del trabajo de la investigación, a través de la organización y participación en congresos, simposia, webinars y otras actividades académicas, así como de la producción de artículos y publicaciones.
o Promover la vinculación con la sociedad, a través de contactos académicos, colaboración con otras universidades y centros de investigación, así como de la creación de cátedras de investigación y programas de consultoría, dirigidos a organizaciones gubernamentales, educativas, culturales, empresariales y de participación social.

El CAISE inició actividades en 1990 con la Maestría en Educación; en 1992 dio un paso más para su consolidación con el Doctorado en Educación: Diagnóstico, Medida y Evaluación de la Intervención Educativa (actualmente Doctorado en Evaluación Educativa), que se imparte desde su fundación en convenio con la Universidad Complutense de Madrid; y en 2007, abre el programa de Doctorado en Liderazgo y Dirección de Instituciones de Educación Superior (actualmente Doctorado en Liderazgo y Dirección de Instituciones Educativas), para ampliar la formación e investigación en este campo educativo.