La Universidad Anáhuac se fundó en el año de 1964 como pieza fundamental dentro del proyecto educativo de la Congregación de los Legionarios de Cristo y con el objetivo primordial de elevar la condición humana y social de los hombres y mujeres de México mediante una formación integral.
La Universidad Anáhuac México Norte inició sus actividades en 1964, en una casa ubicada en Lomas Virreyes, contando apenas con 48 alumnos en dos carreras: Administración de Empresas y Economía. Bajo la rectoría del P. Faustino Pardo L.C., en los siguientes años abrió: Psicología y Ciencias Humanas en 1965, y Arquitectura y Derecho en 1966. Paralelamente, y gracias al apoyo de distinguidos hombres visionarios y empresarios mexicanos, se inició la construcción de las nuevas instalaciones en Lomas Anáhuac.
El año de 1968 fue especialmente significativo, no sólo se graduó la primera generación de egresados Anáhuac, sino que también se inauguró el nuevo campus el día 4 de junio. Con base en esos años de esfuerzo y confianza en el futuro se consolidó la Universidad, la cual es hoy reconocida como una de las instituciones privadas de educación superior de más prestigio en el país.
En el año de 1981, el Gobierno de la República reconoció la calidad de la Anáhuac otorgándole el Derecho de Autonomía y Validez Oficial de Estudios. Ese mismo año y con el objetivo de consolidar nuestra Institución en la zona sur de la Ciudad de México, nació la Universidad Anáhuac México Sur, el primer paso para la conformación de la Red de Universidades Anáhuac.
La Universidad Anáhuac México Sur comenzó clases con las carreras de Administración de Empresas, Administración Turística, Diseño Gráfico, Ingeniería Industrial y Relaciones Industriales. Un año más tarde surgieron Actuaría, Ingeniería Eléctrica e Ingeniería Electrónica.
Para el año de 2006, la Secretaría de Educación Pública (SEP) otorgó el reconocimiento a la Universidad Anáhuac México Norte como Institución de Excelencia Académica, avalando su calidad académica y reafirmando su compromiso con la formación de líderes de acción positiva, y un año más tarde, en 2007 y apenas concluido sus primeros 25 años, la México Sur recibió la misma distinción.
En 2009, la Secretaría de Educación Pública entregó a la Universidad Anáhuac México Norte un reconocimiento por la calidad de sus programas, el cual constata que la mayoría de los programas cursados por nuestros alumnos son avalados por organismos acreditadores de gran prestigio y exigencia.
En el año de 2014, con el objetivo de recordar con gratitud y orgullo nuestra historia, vivir con pasión y generosidad el presente; y proyectarnos con visión y confianza al futuro, la Universidad Anáhuac México Norte celebró sus primeros 50 años de vida.
A partir del año 2016, comenzó el proceso de Integración entre la Anáhuac México Norte y la Anáhuac México Sur, con el objetivo de unir las fortalezas de ambas instituciones, para formar la Universidad Anáhuac México.
El Doctor Cipriano Sánchez García, Legionario de Cristo, fue designado como el nuevo y primer Rector de la Universidad Anáhuac México.